Кароче если не найти вирусто то
Не случайно вирус-программа имеет аналогию с медицинским вирусом. Как говорят доктора - своевременное обнаружение болезни значительно снижает вероятность летального исхода при лечении!-) Если Вы самостоятельно проводите антивирусную профилактику и обнаружите вирус на ранней стадии, когда заражение сайта только началось, Вы вполне сможете справиться с вирусом на сайте самостоятельно!
Если Вы не задумывались о возможности заражения сайта вирусами и сайт создан с использованием CMS, то скорее всего в каждой из огромного количества файлов и папок зараженного сайта будет внедрен вирусный или вредоносный код. Вы сможете проверить сайт и найти вирус самостоятельно.
Но удалить вирусы из всех файлов сайта самостоятельно скорее всего Вы не сможете физически - придется максимально быстро просмотреть сотни тысяч файлов сайта, идентифицировать в них вирус или вредоносный код и удалить вирус с сайта не повредив работоспособности сайта!
В наиболее запущенных случаях - это вообще не возможно сделать, т.к. "ядро" системы управления сайтом будет полностью повреждено вирусом и его уже нельзя будет восстановить.